新生兒感染腸病毒後的症狀有各種表現，從最輕微的發燒到致命的多重器官衰竭都有。最常見的症狀包括發燒、躁動不安、餵食不佳、嗜睡，其他症狀如發紺或膚色蒼白、肌張力低下或過高、腸胃症狀、黃疸、出血點、抽搐等都有可能出現。如出現新生兒敗血症、心肌炎、肝炎合併凝血功能異常、腦炎等，則可稱為新生兒腸病毒重症。
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